Flores se unirá a Minnesota después de pasar el 2022 como asistente defensivo sénior/entrenador de apoyadores con los Pittsburgh Steelers y volver a conectarse con el entrenador en jefe de los Vikings, Kevin O’Connell, casi 15 años después de que coincidieron por primera vez con los Patriots.
En 2008, Flores estaba pasando de trabajar en el departamento de cazatalentos profesional de New England a ser entrenador, comenzando como asistente de equipos especiales cuando los Patriots reclutaron a O’Connell, un mariscal de campo, en la tercera ronda.
Flores ayudó en ese rol durante dos temporadas antes de agregar trabajo con la ofensiva en 2010 y pasar a la defensiva en 2011. Estuvo al margen de los Patriots durante 11 temporadas (después de cuatro en total en el departamento de exploración)
New England ganó cuatro Super Bowls durante el tiempo de Flores con los Patriots (XXXIX, XLIX, LI y LIII).
Fue contratado como entrenador en jefe de los Miami Dolphins en el 2019.
Flores ocupó ese puesto durante tres temporadas, con un récord de 24-25, que se destacó por una actuación de 10-6 en 2020. El equipo de 2021 comenzó 1-7 pero se recuperó al ganar ocho de sus últimos nueve juegos.
Flores se unió a Pittsburgh en 2022 y ayudó a los Steelers a limitar a sus oponentes a solo siete touchdowns por tierra, lo que empató con los Patriots en la menor cantidad permitida en la NFL. La defensa de pase de Pittsburgh forzó el sexto porcentaje más bajo de pases completos (61.3) en la NFL.
Los jugadores entrenados por Flores la temporada pasada incluyeron a Alex Highsmith, quien registró 14.5 capturas, el máximo de su carrera, para ubicarse sexto en la NFL y cinco balones sueltos forzados (empatado en el liderato de la liga), y T.J. Watt, quien totalizó 39 tacleadas y 5.5 capturas en 10 juegos.
En los juegos jugados por Watt, los Steelers tuvieron marca de 8-2, permitieron solo 16.9 puntos por juego y registraron 32 capturas y 18 robos de balón.
En Miami, Flores llevó a los Dolphins a temporadas ganadoras consecutivas por primera vez desde 2002-03. El equipo de 2021 ganó siete juegos consecutivos después de perder siete seguidos.
La temporada anterior, el esquinero Xavien Howard lideró la NFL con 10 intercepciones para ganar el estatus All-Pro del primer equipo de The Associated Press y una selección de Pro Bowl.
Miami terminó sexto en la NFL esa temporada en defensa anotadora, permitiendo 21.1 puntos por juego y lideró la liga con 29 despegues.
En 2018, Flores ayudó a New England a ganar el Super Bowl LIII en su primera temporada como encargado de las jugadas defensivas y tercera como líder de los apoyadores.